Den onde cirkel
Når der bliver tilført for mange næringsstoffer til en sø, sker der en kraftig vækst af af planktonalger og søen vil gradvist blive mere uklar. Planktonalger bliver normalt spist af planktondyr og de alger, der ikke bliver spist, falder til bunden og bliver nedbrudt. Planktonalger nedbrydes ved hjælp af ilt, og hvis der er for mange af dem, kommer der iltsvind i bundvandet. Dette vil medføre at fosfor bliver frigivet fra bunden, hvilket sammen med kvælstof fra landbruget er næring for planktonalgerne, som nu har endnu bedre forhold til at gro, og vandet vil blive endnu mere uklart. Den onde cirkel er begyndt.
Ubalance i søen
Den onde cirkel forstærkes i kraft af at fiskebestanden også ændres. Det uklare vand gør det svært for rovfisk at fange de mindre fisk. De mindre fisk spiser planktondyrene som derved ikke kan spise planktonalgerne. Det uklare vand gør også at bundplanterne har svært ved at gro da de ikke får lys nok til fotosyntesen. Bundplanterne er rovfiskenes levested og når deres levested forsvinder så forsvinder de også, ubalancen er nu total.
Biomanipulation
Håbet er dog ikke ude for en sø, der er fanget i denne onde cirkel. Sørestaurering er en måde hvorpå man kan bryde den onde cirkel og bringe søen tilbage til dens oprindelige tilstand. Først skal man have stoppet tilførslen af de mange næringsstoffer, som primært kommer fra landbrug eller spildevand. Derefter kan man benytte sig af forskelige restaureringsmetoder og en af disse er biomanipulation. Her går man ind og direkte manipulerer med fiskebestanden ved at tilføje flere rovfisk og fjerne de mindre fisk som æder planktondyrende. At finde den rigtige balance er dog lettere sagt end gjort og der bliver forsat forsket meget i netop denne teknik. Biomanipulation har nemlig har vist at være en billigere og mere miljøvenlig metode end de traditionelle og er et spændende tiltag i den komplekse verden af søsrestaurering.